در پرتو پيروزي انقلاب شكوهمند اسلامي، و استقرار نظامي براساس ارزش‌هاي معنوي و احكام الهي در ايران، بار ديگر تفكر ديني به عنوان انديشه‌اي اميدزا، حيات‌بخش و مترقي، در عرصه حيات انسان معاصر ظاهر شد.
تجديد حيات انديشة وحياني و ارزش‌هاي معنوي، از سويي سبب بيداري و خودباوري ملت‌هاي مسلمان و احياي روح ستم ستيزي در آنان و از ديگر سو باعث نمايان‌تر شدنِ سست‌پايگي مسلك‌ها و مكاتب بشر پرداخته و نظام‌هاي استوار بر آنها شد.
بايستگي تحقيقات دقيق، جامع و منسجم، پيرامون زيرساخت‌هاي انديشۀ ديني و نظامات اجتماعي مبتني بر آن و ضرورت پرداخت علمي و روزآمد به حوادث واقعۀ فكري، به فراخور شرايط كنوني و درخور اين رستخيز عظيم، و نيز لزوم آسيب‌شناسي در حوزۀ فرهنگ ملي و باورداشت‌هاي ديني، به منظور تبيين عرضۀ صحيح و دفاع معقول از انديشه ديني و زدودن پيرايه‌هاي موهوم و موهون از ساحت قدسي دين، و صيانت از هويت فرهنگي و سلامت فكري اقشار تحصيل كرده و نسل جوان كشور، تأسيس نهاد علمي ـ پژوهشي و آموزشي ممحض و كارآمدي را فرض مي‌نمود.
پژوهشگاه فرهنگ و انديشه اسلامي، نهادي است علمي فكري، داراي مجوّز رسمي و شخصيت حقوقي مستقل و در حكم دستگاه عمومي كه حسب‌الامر مقام معظم رهبري (دام ظله‌الوارف) در سال 1373 تأسيس شده است.
- جايگاه و وظايف اركان ستادي پژوهشگاه
نمودار سازماني پژوهشگاه (فايل پيوست)
هيأت امنا
هيأت امناي پژوهشگاه متشكل از سه تن از شخصيتهاي علمي برجسته مي‌باشد كه عهده‌دار وظايف و اختيارات زير هستند:
ـ تصويب تغييرات اساسنامه، به پيشنهاد رياست پژوهشگاه.
ـ تصويب نهايي سياستهاي كلي و خطوط مشي جامع پژوهشگاه.
ـ تصويب نهايي محورهاي اساسي تحقيقات.
ـ بررسي و تصويب توسعه پژوهشگاه.
ـ پشتيباني مادي و معنوي از پژوهشگاه و ترغيب فضلاي حوزه و دانشگاه به همكاري با آن.
رئيس پژوهشگاه
رئيس پژوهشگاه به عنوان بالاترين مقام مديريتي، مسؤوليت هدايت تصميمات و فعاليت‌ها و تدبير امور كلان و هماهنگ‌سازي بخشهاي گوناگون را عهده‌دار است. معاونان، مسؤولان قسمت‌هاي مختلف و مديران مؤسسات وابسته به پژوهشگاه نيز با نظر مستقيم وي گزينش و گمارده مي‌شوند.
از ابتداي تأسيس پژوهشگاه تاكنون آیت الله علي‌اكبر رشاد عهده‌دار رياست پژوهشگاه مي‌باشد.
شوراي عالي پژوهشگاه
شوراي عالي پژوهشگاه مركب از ریاست و معاونان پژوهشگاه، رؤساي پژوهشكده‌ها و موسسات وابسته بوده و مسؤوليت تصميم‌گيري در زمينه برنامه‌هاي پژوهشي و آموزشي، كمك به امور اجرايي و فراهم آوردن امكانات در زمينه فعاليتهاي پژوهشي و آموزشي را بر عهده دارد.
شوراهاي معين پژوهشي، آموزشي، بين‌الملل، رسانش و ارتباطات و همكاري‌ها عهده‌دار تهيه و کارشناسي دستور جلسات شوراي عالي پژوهشگاه مي‌باشند.
شهر قم در بردارندة بزرگترين حوزۀ علميه جهان اسلام و مركز حوزه‌هاي علميه ايران مي‌باشد و پژوهشگران شايستۀ بسياري را در زمينه‌هاي گوناگون علوم و معارف اسلامي در خود جاي داده است؛ لذا از همان اوان تأسيس پژوهشگاه تصميم گرفته شد براي استفاده از وجود محققان حوزوي و ايجاد ارتباط با مراكز علمي فعال در این شهر و فراهم ساختن زمينۀ مشاركت دانشوران حوزوي در امور پژوهشي روزآمد و همچنين كمك به حوزه علمیه و حمايت از دانش‌آموختگان علاقه‌مند به تحقيق در عرصۀ مباحث مورد علاقه پژوهشگاه، دفتري در این شهر راه‌اندازي شود.
اين دفتر تاكنون موفق به جلب همكاري و جذب و استخدام چندین تن از محققان و انديشوران حوزه علمیه شده و ضمن اجراي طرحهاي تحقيقاتي متعدد، نشستها و همايشهاي علمي و تحقيقاتي بسيار، و دوره‌هاي آموزشي پرباري را برگزار كرده است.
جهت تقويت ارتباط با محققان حوزوي چند گروه‌ه علمي پژوهشگاه در دفتر قم مستقر هستند.
